Trong bối cảnh sự quan tâm đến hệ máy NES 8-bit đang giảm dần và sự xuất hiện mạnh mẽ của Super NES, Capcom quyết định không phát hành Mega Man 6 ở Bắc Mỹ, mà thay vào đó tập trung vào việc quảng bá Mega Man X. Tuy nhiên, phiên bản Bắc Mỹ của Mega Man 6 đã được Nintendo phát hành. Câu chuyện diễn ra vào năm 20XX, khi giải đấu "Robot Masters Tournament" đầu tiên được tổ chức. Đây là một sự kiện nhằm kiểm tra khả năng thiết kế của những kỹ sư tài ba nhất thế giới. Các kỹ sư, lập trình viên, và cả khán giả từ khắp nơi đã tập trung để tham gia và chứng kiến giải đấu này. Người tổ chức là "Mr. X", một trong những người giàu có và được cho là một kỹ sư vĩ đại. Mặc dù Dr. Light, một người yêu hòa bình, không tham gia giải đấu, ông đã cử Mega Man đến để đảm bảo mọi thứ diễn ra an toàn và giám sát các Robot Masters. Trong số rất nhiều robot mạnh mẽ tham gia, cuối cùng chỉ có tám robot giành chiến thắng.