En el año futurista 200X, el Dr. Wily parece haber cambiado de actitud y está trabajando con el Dr. Light en la creación de un robot de mantenimiento de la paz llamado Gamma. Pero las cosas toman un giro cuando los ocho Robot Masters que diseñaron para proteger la paz se vuelven rebeldes y roban ocho cristales de poder. Depende de Mega Man, junto con su leal perro Rush, perseguirlos a través de diferentes planetas mineros en el espacio y recuperar los cristales. Añadiendo a la aventura, Proto Man, la primera creación del Dr. Light, reaparece después de un año en el anonimato. Conocido como "Blues" en Japón, Proto Man desafía a Mega Man en varios duelos para ayudarlo a mejorar sus habilidades. Si Mega Man gana, Proto Man abre el camino hacia adelante. Antes del enfrentamiento final con el Dr. Wily, Proto Man asume la identidad de "Break Man". ¡Prepárate para un emocionante viaje lleno de acción y desafíos mientras ayudas a Mega Man a salvar el día!