No futurístico ano de 200X, o Dr. Wily parece ter virado a página e está trabalhando com o Dr. Light na criação de um robô pacificador chamado Gamma. Mas a situação muda quando os oito Robot Masters que eles projetaram para proteger a paz saem do controle e roubam oito cristais de poder. Cabe ao Mega Man, junto com seu fiel cachorro Rush, persegui-los por diferentes planetas mineradores no espaço e recuperar os cristais. Para aumentar a aventura, Proto Man, a primeira criação do Dr. Light, reaparece após um ano escondido. Conhecido como "Blues" no Japão, Proto Man desafia Mega Man em vários duelos para ajudá-lo a melhorar suas habilidades. Se Mega Man vencer, Proto Man abre o caminho adiante. Antes do confronto final com o Dr. Wily, Proto Man assume o disfarce de "Break Man". Prepare-se para uma jornada emocionante cheia de ação e desafios enquanto ajuda Mega Man a salvar o dia!