Nell'anno futuristico 200x, il dottor Wily sembra aver consegnato una nuova foglia e sta lavorando con il Dr. Light per creare un robot di mantenimento della pace di nome Gamma. Ma le cose prendono una svolta quando gli otto padroni robot hanno progettato per proteggere la pace vanno il canaglia e rubare otto cristalli di potenza. Dipende da Mega Man, insieme alla sua fedele corsa al cane, per inseguirli attraverso diversi pianeti minerari nello spazio e recuperare i cristalli.

Aggiungendo all'avventura, Proto Man, la prima creazione del Dr. Light, riappare dopo un anno di nascondersi. Conosciuto come "Blues" in Giappone, Proto Man sfida Mega Man in vari duelli per aiutarlo a migliorare le sue abilità. Se VINCE MEGA MAN, Proto Man apre la strada. Prima della resa dei conti finali con il Dr. Wily, Proto Man affronta il travestimento di "Break Man". Preparati per un viaggio emozionante pieno di azioni e sfide mentre aiuti Mega Man a salvare la giornata!