Im futuristischen Jahr 200X scheint Dr. Wily ein neues Blatt umgedreht zu haben und arbeitet mit Dr. Light an der Schaffung eines Friedensroboters namens Gamma. Doch die Dinge nehmen eine Wendung, als die acht von ihnen entworfenen Robotermaster, die den Frieden schützen sollen, rebellieren und acht Energiekristalle stehlen. Es liegt an Mega Man, zusammen mit seinem treuen Hund Rush, sie auf verschiedenen Bergbauplaneten im Weltraum zu jagen und die Kristalle wiederzuerlangen. Zur Abenteuer hinzufügend taucht Proto Man, Dr. Lights erste Kreation, nach einem Jahr im Versteck wieder auf. Bekannt als "Blues" in Japan, fordert Proto Man Mega Man in verschiedenen Duellen heraus, um ihm zu helfen, seine Fähigkeiten zu verbessern. Wenn Mega Man gewinnt, öffnet Proto Man den Weg nach vorne. Vor dem finalen Showdown mit Dr. Wily nimmt Proto Man die Verkleidung als "Break Man" an. Mach dich bereit für eine aufregende Reise voller Action und Herausforderungen, während du Mega Man hilfst, den Tag zu retten!