ในปีอนาคต 200X ดร. Wily ดูเหมือนจะพลิกใบใหม่และทำงานร่วมกับดร. ไลท์ในการสร้างหุ่นยนต์รักษาสันติภาพชื่อแกมม่า แต่สิ่งต่าง ๆ ก็กลับกลายเป็นว่าหุ่นยนต์แปดคนที่พวกเขาออกแบบมาเพื่อปกป้องสันติภาพไปโกงและขโมยคริสตัลพลังแปดอย่าง มันขึ้นอยู่กับ Mega Man พร้อมกับสุนัขที่ภักดีของเขาเร่งรีบเพื่อไล่พวกมันลงไปในดาวเคราะห์เหมืองแร่ที่แตกต่างกันในอวกาศและกู้คืนคริสตัล

การเพิ่มการผจญภัย, Proto Man, การสร้างครั้งแรกของดร. ไลท์ปรากฏขึ้นอีกครั้งหลังจากซ่อนตัวเป็นเวลาหนึ่งปี เป็นที่รู้จักในนาม "บลูส์" ในญี่ปุ่น Proto Man ท้าทาย Mega Man ในการดวลต่าง ๆ เพื่อช่วยให้เขาพัฒนาทักษะของเขา ถ้า Mega Man ชนะ Proto Man จะเปิดทางไปข้างหน้า ก่อนการประลองครั้งสุดท้ายกับ Dr. Wily Proto Man จะปลอมตัวของ "Break Man" เตรียมพร้อมสำหรับการเดินทางที่น่าตื่นเต้นที่เต็มไปด้วยการกระทำและความท้าทายในขณะที่คุณช่วย Mega Man ช่วยทั้งวัน!