未来の年200X年、ワイリー博士は新たなページを開き、ライト博士と協力して平和を守るロボットガンマを作成しているようです。しかし、平和を守るために設計された8体のロボットマスターが暴走し、8つのパワークリスタルを盗んでしまいます。メガマンと彼の忠実な犬ラッシュは、宇宙のさまざまな鉱山惑星を追いかけ、クリスタルを取り戻すために奮闘します。 さらに冒険を盛り上げるために、ライト博士の最初の創造物であるプロトマンが1年間の隠れ身の後に再登場します。日本では「ブルース」として知られるプロトマンは、メガマンとのさまざまな決闘で彼のスキルを向上させるために挑戦します。メガマンが勝利すれば、プロトマンは前進する道を開きます。ワイリー博士との最終決戦の前に、プロトマンは「ブレイクマン」として姿を変えます。メガマンが一日を救うのを手伝うために、アクションと挑戦に満ちたエキサイティングな旅に備えてください！