NES'in solmaya başladığı ve Super Nes'in spot ışığı aldığı bir zamanda, Capcom Mega Man X'e odaklanmaya karar verdi ve Nintendo'yu Mega Man 6'yı Kuzey Amerika'ya getirmeye bıraktı. 20XX yılında belirlenen dünyanın ilk "Robot Ustaları Turnuvası" başlıyor ve en iyi mühendisleri becerilerini sergilemeye davet ediyor. Mühendisler, programcılar ve dünyanın dört bir yanından gelen hayranlar, gizemli ve varlıklı "Mr. X." tarafından düzenlenen bu heyecan verici etkinlik için toplanıyor. Bilinen bir pasifist olan Dr. Light rekabet etmemeyi seçmesine rağmen, turnuvanın sorunsuz ve güvenli bir şekilde çalışmasını sağlamak için Mega Man gönderiyor. Karışımda birçok güçlü robotla, sekiz şampiyon olarak ortaya çıkıyor. Mega Man'a bu heyecan verici macerada katılın, zorluklarda gezinirken ve barışı korurken!