Em uma época em que o NES começava a desaparecer e o Super NES ganhava destaque, a Capcom decidiu focar em Mega Man X, deixando a Nintendo responsável por trazer Mega Man 6 para a América do Norte. Ambientado no ano 20XX, o primeiro "Torneio de Robot Masters" do mundo é inaugurado, convidando os melhores engenheiros a demonstrar suas habilidades. Engenheiros, programadores e fãs de todo o mundo se reúnem para este emocionante evento, organizado pelo misterioso e rico "Sr. X". Apesar de Dr. Light, um pacifista conhecido, optar por não competir, ele envia Mega Man para garantir que o torneio ocorra sem problemas e com segurança. Com muitos robôs poderosos em disputa, oito se destacam como campeões. Junte-se a Mega Man nesta aventura eletrizante enquanto ele enfrenta desafios e mantém a paz!