Di masa ketika NES mulai memudar dan Super NES mengambil sorotan, Capcom memutuskan untuk fokus pada Mega Man X, meninggalkan Nintendo untuk membawa Mega Man 6 ke Amerika Utara. Berlatar tahun 20XX, "Robot Masters Tournament" pertama di dunia dimulai, mengundang insinyur terbaik untuk menunjukkan keterampilan mereka. Insinyur, programmer, dan penggemar dari seluruh dunia berkumpul untuk acara yang menarik ini, yang diselenggarakan oleh "Mr. X." yang misterius dan kaya dan kaya Meskipun Dr. Light, seorang pasifis yang dikenal, memilih untuk tidak bersaing, ia mengirim Mega Man untuk memastikan turnamen berjalan dengan lancar dan aman. Dengan banyak robot yang kuat dalam campuran, delapan muncul sebagai juara. Bergabunglah dengan Mega Man dalam petualangan yang mendebarkan ini saat ia menavigasi tantangan dan menjaga kedamaian!