V budoucnu, který ne příliš daleko, je mír rozbitý, když tajemná armáda vedená někým připomínajícím proto muž způsobuje chaos po celém světě. Najednou je Dr. Light unesen a zanechal jen poznámku a žlutý šátek jako stopy. Mega Man je zmatený činy jeho „bratra“, ale ví, že musí jednat rychle, aby zachránil Dr. Light a obnovil pořádek. Mega Man je vyzbrojen vylepšenou Mega Buster, díky brilantnímu Dr. Cossackovi, je připraven k akci. Dr. Cossack nejen posiluje zařízení Mega Man's Gear, ale také ho představuje novému pernatému příteli jménem „Beat“, aby pomohl této odvážné misi. S Dr. Cossackem jako svým průvodcem se Mega Man pustí do epického hledání odhalit pravdu a zachránit den!