V futuristickém roce 200X se zdá, že Dr. Wily změnil své způsoby a spolupracuje s Dr. Lightem na vytvoření mírového robotického stroje jménem Gamma. Ale věci se zvrtají, když osm Robot Masters, které navrhli k ochraně míru, se obrátí proti nim a ukradnou osm mocných krystalů. Je na Mega Manovi, společně se svým věrným psem Rushem, aby je pronásledovali po různých hornických planetách ve vesmíru a získali krystaly zpět. K dobrodružství se přidává Proto Man, první stvoření Dr. Lighta, který se objeví po roce skrytí. Známý jako "Blues" v Japonsku, Proto Man vyzve Mega Mana k různým soubojům, aby mu pomohl zlepšit své dovednosti. Pokud Mega Man vyhraje, Proto Man otevře cestu vpřed. Před finálním soubojem s Dr. Wilym se Proto Man převlékne za "Break Mana". Připravte se na vzrušující cestu plnou akce a výzev, když pomůžete Mega Manovi zachránit den!