V roce 200X, jen rok po chaotickém projektu Gamma a údajném pádu Dr. Wilyho, vzniká nová hrozba. Dr. Light obdrží dopis od Dr. Cossacka, tajemného vědce z Ruska, který tvrdí, že je nejlepším robotickým inženýrem na světě. Cossack plánuje prokázat své tvrzení tím, že uvolní svou armádu robotů jako výzvu pro Dr. Lighta. S mírem opět ohroženým je Mega Man povolán zpět ze svého pátrání po neuchopitelném Wilym, aby se postavil Cossackovým formidabilním Robot Masters. Naštěstí tentokrát Mega Man disponuje mocným vylepšením: Mega Busterem, který mu umožňuje nabíjet a vypouštět ničivé plazmové střely. Připravte se na epické střetnutí, kdy Mega Man bojuje, aby znovu zachránil svět!