Na hun eerste overwinning op de Dark Queen dachten de Battletoads dat ze konden ontspannen. Maar vrede is van korte duur, want de verdediging van de aarde wordt plotseling weggevaagd en een enorme ruimteschip, de Colossus, verschijnt van achter de maan. De Dark Queen is terug, en deze keer heeft ze zich aangesloten bij de Shadow Warriors uit de Double Dragon-serie om het sterrenstelsel te veroveren! Om deze nieuwe dreiging aan te pakken, bundelen de Battletoads hun krachten met de legendarische Lee-broers, Billy en Jimmy. Samen gaat dit moedige team van vijf op een epische missie om de Dark Queen en haar bondgenoten te verslaan, en het universum te redden van hun kwade plannen.