Setelah kemenangan awal mereka atas Ratu Gelap, Battletoads mengira mereka bisa santai. Tetapi kedamaian berumur pendek karena pertahanan bumi tiba-tiba dimusnahkan dan pesawat ruang angkasa besar, raksasa, muncul dari belakang bulan. The Dark Queen kembali, dan kali ini dia bekerja sama dengan The Shadow Warriors dari seri Double Dragon untuk menaklukkan Galaxy! Untuk mengatasi ancaman baru ini, Battletoads bergabung dengan Lee Brothers, Billy dan Jimmy yang legendaris. Bersama -sama, tim lima yang tidak takut ini berangkat pada misi epik untuk menjatuhkan Ratu Kegelapan dan sekutunya, menyelamatkan alam semesta dari rencana jahat mereka.