Après leur première victoire sur la Dark Queen, les Battletoads pensaient qu'ils pouvaient se détendre. Mais la paix est de courte durée car les défenses de la Terre sont soudainement anéanties et qu'un vaisseau spatial massif, le Colossus, apparaît derrière la lune. The Dark Queen est de retour, et cette fois, elle s'est associée aux Shadow Warriors de la série Double Dragon pour conquérir la galaxie! Pour s'attaquer à cette nouvelle menace, les Battletoads unissent leurs forces avec les légendaires frères Lee, Billy et Jimmy. Ensemble, cette équipe intrépide de cinq personnes se déroule sur une mission épique pour éliminer la Darking Queen et ses alliés, sauvant l'univers de leurs plans diaboliques.