Karanlık Kraliçe üzerindeki ilk zaferlerinden sonra, Battletoads rahatlayabileceklerini düşündüler. Ancak, dünyanın savunmaları aniden yok edildiğinden ve devasa bir uzay gemisi, devin arkasından göründüğü için barış kısa ömürlüdür. Karanlık Kraliçe geri döndü ve bu sefer Galaxy'yi fethetmek için Double Dragon serisinden Shadow Warriors ile birlikte çalıştı! Bu yeni tehdidi çözmek için Battletoads, efsanevi Lee Brothers, Billy ve Jimmy ile güçlerini birleştiriyor. Birlikte, beş kişilik bu korkusuz ekip, karanlık kraliçeyi ve müttefiklerini devirmek için destansı bir göreve başlar ve evreni kötü planlarından kurtarır.