Efter deras första seger över den mörka drottningen trodde Battletoads att de kunde koppla av. Men freden är kortlivad när jordens försvar plötsligt utplånas och ett massivt rymdskepp, Colossus, dyker upp bakom månen. The Dark Queen är tillbaka, och den här gången har hon samarbetat med Shadow Warriors från Double Dragon -serien för att erövra Galaxy! För att ta itu med detta nya hot, går Battletoads samman med de legendariska Lee Brothers, Billy och Jimmy. Tillsammans sätter detta oräddslösa team på fem uppsättningar på ett episkt uppdrag att ta ner den mörka drottningen och hennes allierade och rädda universum från deras onda planer.