Sau khi bị các Battletoads đánh bại, Nữ hoàng Bóng tối độc ác đã trốn chạy đến rìa vũ trụ, để lại cho các chú ếch và người thầy của họ một cuộc sống yên bình. Tuy nhiên, một ngày nọ, quân đội Trái Đất bị vô hiệu hóa và một con tàu vũ trụ khổng lồ mang tên Colossus xuất hiện từ mặt trăng. Rõ ràng, Nữ hoàng Bóng tối đã quay trở lại với một kế hoạch mới nhằm thống trị thiên hà. Lần này, bà ta đã liên minh với các Chiến binh Bóng tối từ series Double Dragon để tăng cường sức mạnh. Để đối phó với mối đe dọa kép này, các Battletoads đã liên lạc với anh em Billy và Jimmy Lee để nhờ sự trợ giúp. Cả hai đồng ý tham gia, và cả năm người lập tức lên đường tới Colossus nhằm ngăn chặn âm mưu đen tối này.