Nach ihrem ersten Sieg über die Dunkle Königin dachten die Battletoads, dass sie sich entspannen könnten. Doch der Frieden ist nur von kurzer Dauer, als die Verteidigung der Erde plötzlich ausgelöscht wird und ein riesiges Raumschiff, der Koloss, hinter dem Mond auftaucht. Die Dunkle Königin ist zurück und dieses Mal hat sie sich mit den Schattenkriegern aus der Double Dragon-Serie verbündet, um die Galaxie zu erobern! Um dieser neuen Bedrohung entgegenzutreten, schließen sich die Battletoads mit den legendären Lee-Brüdern Billy und Jimmy zusammen. Gemeinsam macht sich dieses furchtlose Team aus fünf auf eine epische Mission, um die Dunkle Königin und ihre Verbündeten zu besiegen und das Universum vor ihren bösen Plänen zu retten.