Após sua primeira vitória sobre a Rainha das Trevas, os Battletoads acharam que poderiam relaxar. Mas a paz dura pouco, pois as defesas da Terra são repentinamente destruídas e uma enorme nave espacial, o Colossus, aparece por trás da Lua. A Rainha das Trevas está de volta, e desta vez ela se aliou aos Guerreiros das Sombras da série Double Dragon para conquistar a galáxia! Para enfrentar essa nova ameaça, os Battletoads se unem aos lendários irmãos Lee, Billy e Jimmy. Juntos, essa equipe destemida de cinco heróis parte em uma missão épica para derrotar a Rainha das Trevas e seus aliados, salvando o universo de seus planos malignos.