V budoucnu ne příliš daleko se Mega Man a jeho přátelům konečně podařilo zachytit notoricky známého doktora Wilyho a přinést mír do světa. S Wily za mřížemi všichni doufali, že chaos skončil navždy. Ale Dr. Wily měl plán zálohování! Předvídal své zajetí a tajně postavil čtyři robotické mistry ve skryté laboratoři. Pokud od něj neslyšeli do šesti měsíců, byli tito roboti naprogramováni tak, aby ho aktivovali a hledali. Věřící plánu, o šest měsíců později se probudí a začnou způsobovat zmatek ve městě, kde je uvězněn, a zanechává stopu ničení. Může je Mega Man zastavit, než bude pozdě?