Ninja Gaiden 3 begint met deze wilde intro - je bent Ryu Hayabusa, en een CIA -agent struikelt in je bedrijf. Je achtervolgt haar neer, allemaal dramatisch, en ze valt uiteindelijk van een klif (oeps). Blijkt dat iemand zich nadert, dus nu moet je een schetsmatige faciliteit vol moordende robots in een schetsmatige faciliteit om je naam te wissen.

De eerste baas, deze gepantserde kerel genaamd de Mantis Warrior, gooit vlammen naar je toe alsof het niets is. Versla hem en een man genaamd Clancy verschijnt met cryptisch advies over een plek genaamd Castle Rock Fortress. Kortom, je staat voor veel springen, snijden en uitzoeken wie je inlijst. Klassieke NES Ninja Chaos.