Ninja Gaiden 3从这个狂野的介绍开始 - 您是Ryu Hayabusa，一些CIA特工偶然发现了您的业务。您将她追赶，全部戏剧化，她最终从悬崖上掉下来（糟糕）。事实证明某人模仿您，所以现在您必须胸围进入一个充满杀手机器人的粗略设施，以清除您的名字。

第一个老板，这个装甲的家伙叫做螳螂战士，对你扔火焰，就像什么都没有。击败了他，一个名叫克兰西（Clancy）的家伙对一个名为Castle Rock Fortress的地方的神秘建议出现。基本上，您正在进行大量的跳跃，削减，并弄清楚谁在框架您。经典的NES Ninja混乱。