Ninja Gaiden 3 prende il via con questa introduzione selvaggia: sei Ryu Hayabusa e un agente della CIA inciampa nella tua attività. La insegui, tutto drammatico, e lei finisce per cadere da una scogliera (Oops). Si scopre che qualcuno ti impersona, quindi ora devi demolire una struttura abbozzata piena di robot killer per liberare il tuo nome.

Il primo boss, questo tizio corazzato chiamato Mantis Warrior, ti lancia fiamme come se non fosse niente. Battilo e un ragazzo di nome Clancy si presenta con consigli criptici su un posto chiamato Castle Rock Fortress. Fondamentalmente, sei pronto per saltare, tagliare e capire chi ti sta inquadrando. Classico caos Nes Ninja.