Ninja Gaiden 3 bắt đầu với phần giới thiệu hoang dã này, bạn là Ryu Hayabusa, và một số đại lý CIA tình cờ gặp doanh nghiệp của bạn. Bạn đuổi theo cô ấy, tất cả kịch tính, và cuối cùng cô ấy rơi xuống một vách đá (oops). Hóa ra ai đó đang mạo danh bạn, vì vậy bây giờ bạn phải phá vỡ một cơ sở sơ sài đầy robot giết người để xóa tên của bạn.

Ông chủ đầu tiên, anh chàng bọc thép này được gọi là Chiến binh Mantis, ném ngọn lửa vào bạn như không có gì. Đánh bại anh ta, và một số anh chàng tên Clancy xuất hiện với lời khuyên khó hiểu về một nơi gọi là Pháo đài Castle Rock. Về cơ bản, bạn đang tham gia rất nhiều lần nhảy, chém và tìm ra ai đang đóng khung bạn. Chaos Nes Ninja cổ điển.