Ninja Gaiden 3 comienza con esta introducción salvaje: eres Ryu Hayabusa, y algún agente de la CIA tropieza con tu negocio. La persigue, todo dramático, y ella termina cayendo por un acantilado (Ups). Resulta que alguien te está haciendo pasar por ti, así que ahora tienes que entrar en una instalación incompleta llena de robots asesinos para limpiar tu nombre.

El primer jefe, este tipo blindado llamado Mantis Warrior, te arroja llamas como no es nada. Golpearlo, y un tipo llamado Clancy aparece con consejos crípticos sobre un lugar llamado Castle Rock Fortress. Básicamente, te espera mucho salto, cortando y descubriendo quién te está enmarcando. Classic Nes Ninja Chaos.