Ninja Gaiden 3 dimulai dengan intro liar ini - Anda Ryu Hayabusa, dan beberapa agen CIA tersandung ke dalam bisnis Anda. Anda mengejarnya, semuanya dramatis, dan dia akhirnya jatuh dari tebing (oops). Ternyata seseorang menyamar sebagai Anda, jadi sekarang Anda harus masuk ke fasilitas samar yang penuh dengan robot pembunuh untuk membersihkan nama Anda.

Bos pertama, pria lapis baja ini memanggil Mantis Warrior, melemparkan api pada Anda seperti itu bukan apa -apa. Kalahkan dia, dan seorang pria bernama Clancy muncul dengan nasihat samar tentang tempat yang disebut Castle Rock Fortress. Pada dasarnya, Anda berada di banyak melompat, menebas, dan mencari tahu siapa yang membingkai Anda. Kekacauan Nes Ninja Chaos.