Ninja Gaiden 3 bu vahşi girişle başlıyor - siz Ryu Hayabusa ve bazı CIA ajanları işinize tökezliyor. Onu kovalıyorsun, hepsi dramatik ve sonunda bir uçurumdan (oops) düşüyor. Birinin sizi taklit ettiği ortaya çıkıyor, bu yüzden şimdi adınızı temizlemek için katil robotlarla dolu kabataslak bir tesise girmelisiniz.

İlk patron, Mantis Savaşçısı olarak adlandırılan bu zırhlı ahbap, hiçbir şey gibi sanki alevler atar. Onu dövdü ve Clancy adında bir adam Castle Rock Kalesi adlı bir yer hakkında şifreli tavsiyelerle ortaya çıkıyor. Temel olarak, çok fazla zıplama, kesme ve sizi kimin çerçevelediğini bulmak içindesiniz. Klasik Nes ninja kaos.