Ninja Gaiden 3 เริ่มต้นด้วยคำนำป่านี้ - คุณคือ Ryu Hayabusa และตัวแทนซีไอเอบางคนสะดุดกับธุรกิจของคุณ คุณไล่ล่าเธอลงอย่างมากและเธอก็ล้มลงจากหน้าผา (อุ๊ปส์) กลับกลายเป็นว่าใครบางคนแอบอ้างเป็นคุณดังนั้นตอนนี้คุณต้องถูกจับเข้าไปในสถานที่ร่างที่เต็มไปด้วยหุ่นยนต์นักฆ่าเพื่อล้างชื่อของคุณ

เจ้านายคนแรกเพื่อนหุ้มเกราะคนนี้เรียกว่า Mantis Warrior ขว้างเปลวไฟให้คุณเหมือนมันไม่มีอะไรเลย เอาชนะเขาและผู้ชายบางคนชื่อ Clancy ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับคำแนะนำเกี่ยวกับสถานที่ที่เรียกว่า Castle Rock Fortress โดยพื้นฐานแล้วคุณกำลังกระโดดข้ามไปอย่างมากและคิดออกว่าใครเป็นคนทำกรอบคุณ ความโกลาหลของ NES NES แบบคลาสสิก