Ninja Gaiden 3 стартира с това диво въведение - вие сте Ryu Hayabusa, а някои агенти на ЦРУ се впускат във вашия бизнес. Преследвате я, всички драматични и тя в крайна сметка пада от скала (упс). Оказва се, че някой ви се представя, така че сега трябва да влезете в схематично съоръжение, пълно с роботи за убийци, за да изчистите името си.

Първият шеф, този брониран пич, наречен воин на Mantis, хвърля пламъци към вас, че е нищо. Победи го, а някой човек на име Кланси се появява с криптични съвети за място, наречено Castle Rock Fortress. По принцип сте за много скачане, нарязване и измисляне на това кой ви рамкира. Класически хаос NIS NINJA.