Ninja Gaiden 3 با این مقدمه وحشی شروع می شود - شما Ryu Hayabusa ، و برخی از نماینده های سیا در تجارت شما قرار می گیرند. شما او را تعقیب می کنید ، همه چشمگیر ، و او در نهایت از صخره (اوه) سقوط می کند. معلوم است که شما را جعل می کند ، بنابراین اکنون باید به یک مرکز طراحی پر از روبات های قاتل بپردازید تا نام خود را پاک کنید.

رئیس اول ، این شخص زرهی به نام Mantis Warrior ، Flames را به سمت شما پرتاب می کند مثل اینکه هیچ چیز نیست. او را مورد ضرب و شتم قرار داد ، و برخی از افراد به نام کلنسی با توصیه های رمزنگاری در مورد مکانی به نام قلعه قلعه راک ظاهر می شوند. در اصل ، شما برای پریدن ، بریدن و فهمیدن چه کسی شما را قاب می کنید. هرج و مرج کلاسیک NES NINJA.