Ninja Gaiden 3 začíná s tímto divokým úvodem - jste Ryu Hayabusa a nějaký agent CIA narazí do vašeho podnikání. Pronásledujete ji dolů, dramaticky a ona skončí spadnutím z útesu (oops). Ukázalo se, že vás někdo vydává, takže teď se musíte potýkat s útržkovitým zařízením plnému zabijáků, abyste vyčistili své jméno.

První šéf, tento obrněný vole, který nazval Mantis Warrior, na vás hodí plameny, jako by to nebylo nic. Porazte ho a nějaký chlap jménem Clancy se objeví s kryptickou radou o místě zvaném Castle Rock Fortress. V podstatě jste na spoustě skákání, sekání a zjištění, kdo vás rámuje. Klasický NES Ninja Chaos.