Po počátečním vítězství nad temnou královnou si Battletoads mysleli, že si mohou uvolnit. Mír je však krátkodobý, protože obhajoba Země jsou najednou vymazána a zezadu se objeví masivní kosmická loď, Colossus. Temná královna je zpět a tentokrát se spojila s Shadow Warriors ze série Double Dragon, aby dobyla Galaxie! K řešení této nové hrozby se Battletoads spojí s legendárním Lee Brothersem, Billym a Jimmym. Společně se tento nebojácný tým pěti vydává na epickou misi, aby sundal temnou královnu a její spojence a zachránil vesmír před jejich zlými plány.